Stalni postav muzejske izložbe nalazi se u atriju, južnom dijelu i uzvišenom dijelu prizemlja te svaki od njih prikazuje određeno razdoblje u rastu i razvoju grada Šibenika, od 6. tisućljeća prije Krista do 1797. godine.

U atriju muzeja nalaze se ostaci arheoloških iskopina iz samog grada i okolnih lokaliteta, od prapovijesti do srednjeg vijeka. U južnom dijelu prizemlja nalaze se dokumenti i spomenici hrvatskih kraljeva od 11. do 15. stoljeća, a audio-vizualnom prezentacijom prikazano je razaranje Šibenika 1378. godine. Na izbočenom dijelu nalaze se najvažnija djela iz slikarstva i kiparstva, poput Bogorodice s djetetom Blaža Jurjeva Trogiranina. U stalnom postavu se mogu naći i barokna umjetnička produkcija koja obuhvaća uglavnom liturgijska djela i predmete iz 17. i 18. stoljeća, te najpoznatiji Šibenčani i Šibenčanke kroz povijest.

Cijena ulaznice za odrasle osobe iznosi 30,00 kuna, za učenike, studente i umirovljenike 10,00 kuna, a za djecu do 12 godina, invalide, članove HMD-a i ICOM-a omogućen je besplatan ulaz. Muzej je otvoren svakim danom od 7:30 do 15:30 sati.